striderec Fijate que las reglas de iptables solo listan fail2ban, el firewall de Elastix no esta activo. Con respecto a repetidas intrusiones, pueden haber habilitado un back shell con lo que ya no hace falta atacar via http a scripts vulnerables.
Con respecto a compatibilidades, con Issabel 4 no usarás más el módulo antihacker (fail2ban), pues ya está integrado. No es un addon, es base del producto. Con respecto al firewall, geolocalización estará incluído de base también, no hace instalar otros administradores de firewall (si bien un usuario experto está en todo su derecho de usar las herramientas que más le gusten!).
Restricción .htaccess no vamos a llegar a hacerlo me parece para la semana próxima. Seguramente en un update posterior. Veré si llegamos pero está complicado pues al ser un release canidate lo que ya tenemos, no deberíamos agregar funcionalidad nueva.
Con respecto a módulos adicionales de apache, si existen .rpm para centos 7 se pueden agregar facilmente. Si no existen y alguien quiere contribuir a empaquetarlos, estupendo.. se pueden probar y agregar via yum y listo.