Hola nuevamente,
Tuve una situación similar y opte por configurar Issabel desde cero, aun que el backup de mi PBX no marcaba error al migrar, tenia lios despues y los comandos en el CLI no corrian, fueron demasiadas pruebas y nada resulto, sin embargo de las migraciones que he realizado, que han sido varias, solo una me causo este probelma las demás pasaron bien con el herremienta de Issabel, te recomiendo usar el bacth de extensiones y generar tu archivo para pasarlas de Elastix a Issabel y las demas configuraciones como IVR, queue, ringroups etc..pasarlas a mano ya que en mi esperiencia sera más rápido, esa mi recomendación.
Saludos.