Yo utilizo Webmin, Entro en servidores - Servidor de base de datos MySQL, pincho en asteriskcdrdb y en ejecutar SQL. Yo solo borro las llamadas anteriores a 3 meses, pero si quieres borrar todo simplemente es DELETE form cdr.
Si tienes instalado CallCenter, entonces tienes que mirar también la base de datos call_center y eliminar los datos de las tablas calls y call_recording.
Para eliminar los ficheros de grabaciones del disco, también con webmin, en herramientas - administrador de archivos, buscas el directorio y eliminas lo ficheros.
Fácil.