Hay rutas cableadas/hardcodeadas en muchos sitios, por lo que no te va a ser sencillo tenerlo funcional de ese modo.
Lo que podrías hacer en ese caso es modificar configuración de apache y usar host virtuales basados en nombre en puertos alternativos, cambias el puerto 443 a otro como ser 4433 con el webroot donde está.. y creas un host virtual nuevo en puerto 443 que un webroot apuntando a por ejemplo /var/www/mipagina. donde puedes copiar los archivos de esa página que necesites. Ten en cuenta que algunas configuraciones de apache se van a pisar cuando actualices paquetes issabel.
Aquí hay una respuesta genérica para virtualhost en puerto 80, deberías tomar esto como base pero usandolo dentro de la configuracion ssl:
https://serverfault.com/questions/246445/how-do-i-create-virtual-hosts-for-different-ports-on-apache
