Mi respuesta va a ser posiblemente incorrecta o parcial, puesto que no hay suficiente información en el reporte de tu problema. Voy a asumir que los troncales son SIP, podrían ser IAX, pero no aclaras. Luego tienes problemas de registro, asumo que son registros salientes a tu proveedor (tampoco está aclarado, podría ser lo inverso). Porque hay problemas asumo que seguramente hay algún tipo de NAT involucrado (tampoco lo aclaras, pero podemos asumir que así sea). Por lo tanto mi respuesta "asumida casi en un 90%" es que tu servidor está detrás de NAT y que tienes un router en tu red que tiene configurado SIP ALG o algun seteo similar que conflictúa con el tratamiento de NAT de Asterisk. En esos casos, desactivando dicha opción en el router suele ser de mucha ayuda.
Saludos,