Hola, te comento que una vez hace unos días atrás me paso con un cliente lo mismo, tenía una tabla de mysql dañada, te recomiendo hacer lo siguiente desde la consola o ssh:
amportal stop (detiene el freepbx)
service httpd stop (detiene el servidor apache)
"service mysql stop" ó "service mariadb stop" (para detener la base de datos ya sea CentOS 5 ó 7)
luego teniendo otra ventana corriendo ejecutas "tail -f /var/log/mysql.log" (para estar viendo el archivo de logs de la base de datos)
y finalmente inicias el servicio de mysql con "service mysql start" ó "service mariadb start"
en la ventana de donde estas ejecutando el "tail""notaras que arranca todo bien o claramente se verá si hay una tabla dañada. En caso de que no funcione esto, valida que el usuario de CDR en cdr.conf (ó alguno de los archivos que se incluyen en la sintaxis) puede acceder sin problemas a la DB y a las tablas cuando está arriba la D
otra opcion es revisar los logs de apache en /var/log/httpd/ para validar al entrar a la pagina de CDR de que no existe ningun error o algún codigo alambrado.
En lo personal tengo ya varios clientes 100% migrados a Issabel (2.5 ó 4) y por lo general no he tenido ningun problema similar.
Saludos